Les origines du lieu de pèlerinage de Mariastein remontent à la fin du 14e siècle. Selon la légende, un enfant serait tombé d’une falaise et aurait été sauvé par la Vierge Marie. Une grotte naturelle fut transformée en chapelle, dont s’occupait un prêtre.

Les pèlerins affluèrent en si grand nombre que le curé de Metzerlen ne pouvait plus assumer cette tâche. L’évêque de Bâle envoya alors des prêtres pèlerins, puis des ermites augustins de Bâle. Ceux-ci construisirent une chapelle en surface, la chapelle des Sept-Douleurs.

À partir de 1636, des moines bénédictins de Beinwil s’occupèrent du lieu de pèlerinage et s’installèrent définitivement à Mariastein en 1648.

En 1874, le monastère fut supprimé dans le cadre du Kulturkampf ; seuls deux pères furent autorisés à continuer d’assurer le pèlerinage en tant que fonctionnaires cantonaux.

En 1941, les moines installés entre-temps à Bregenz furent expulsés par les nazis et obtinrent l’« asile » à Mariastein à la demande de l’abbé Basilius Niederberger.

À la suite d’une votation populaire en 1970, le monastère put être rétabli sur le plan juridique l’année suivante. L’ensemble du complexe monastique fut restauré dans les règles de l’art.