Le origini del luogo di pellegrinaggio di Mariastein risalgono alla fine del XIV secolo. Secondo la leggenda, un bambino sarebbe caduto dalla roccia e sarebbe stato salvato dalla Madonna. Una grotta naturale fu trasformata in una cappella, affidata alle cure di un sacerdote.
I pellegrini arrivarono in numero così elevato che il parroco di Metzerlen non riusciva più a far fronte a questo compito. Il vescovo di Basilea inviò quindi sacerdoti pellegrini e, in seguito, eremiti agostiniani di Basilea. Questi costruirono una cappella all’aperto, la Cappella dei Sette Dolori.
Dal 1636 i monaci benedettini di Beinwil si occuparono del luogo di pellegrinaggio e nel 1648 si trasferirono completamente a Mariastein.
Nel 1874 il monastero fu soppresso nel corso del Kulturkampf; soltanto due padri poterono continuare a occuparsi del pellegrinaggio in qualità di funzionari cantonali.
Nel 1941 i monaci, nel frattempo stabilitisi a Bregenz, furono espulsi dai nazisti e, su richiesta dell’abate Basilius Niederberger, ottennero “asilo” a Mariastein.
Dopo una votazione popolare nel 1970, l’anno successivo il monastero poté essere ricostituito sul piano del diritto pubblico. L’intero complesso monastico fu restaurato a regola d’arte.