Die Anfänge des Wallfahrtsorts Mariastein gehen zurück ins Ende des 14. Jahrhunderts. Nach der Legende soll ein Kind über den Felsen herunter gefallen und von der Gottesmutter Maria gerettet worden sein. Eine natürliche Höhle wurde zur Kapelle umgewandelt, die ein Priester betreute.

Die Pilger kamen in solchen Zahlen, dass der Pfarrherr von Metzerlen mit dieser Aufgabe überfordert war. Darauf schickte der Basler Bischof Wallfahrtspriester und später Augustiner-Eremiten von Basel. Sie erbauten eine oberirdische Kapelle, die Siebenschmerzen-Kapelle.

Seit 1636 betreuten Benediktiner-Mönche von Beinwil die Wallfahrtsstätte und siedelten 1648 ganz nach Mariastein über.

1874 wurde das Kloster im Zuge des Kulturkampfes aufgehoben; lediglich zwei Patres durften als kantonale Beamte weiterhin die Wallfahrt betreuen.

1941 wurden die unterdessen in Bregenz angesiedelten Mönche von den Nazis vertrieben und erhielten auf Ansuchen von Abt Basilius Niederberger in Mariastein „Asyl“.

Nach einer Volksabstimmung 1970 konnte das Kloster im Folgejahr staatsrechtlich wiederhergestellt werden. Die gesamte Klosteranlage wurde fachgerecht restauriert.